（1）企业忙于上半年的所得税汇算清缴，无暇顾及高新申报，申报数量不足。尽管北京市科委等认定工作小组，计划在2009年4、5月份集中受理申报，但由于今年是新企业所得税实施后的第一个纳税年度，很多企业大都忙于5月份截止的所得税汇算清缴工作，另外由于高新申报往往要涉及到技术、财务、人力资源管理等各个部门的工作，所以很多企业无法顾及到高新申报的组织工作，有很多企业计划于2009年下半年开始申报高新资格。
（2）企业准备自评后无法对高新申报的成功率进行理性的评估，工作相对滞后。很多企业由于知识产权、研发费用、成长性、研发组织管理等方面存在不足，又没有科学的解决方法，故迟迟没有动手申请高新资格，存在观望情绪。这也是影响企业没能及时申报高新的另外一个主要原因。
企业进行2009年下半年高新申报的应对方案及建议：
（1）因为上半年高新技术企业申报数量不足，故下半年会有增加的趋势。尽管认定机构计划为4、5月份集中受理，但根据《高新技术企业认定管理办法》中有关认定机构应当在受理后最长的75个工作日予以认定的工作时限的要求，下半年企业仍然可以申报，但应当尽快启动。如果申报时间太迟，会造成2009年度无法取得高新证书，从而无法享受优惠政策。
（2）由于《关于实施高新技术企业所得税优惠有关问题的通知》(以下简称国税函[2009]203号文)的发布，很多老的高新企业由于没有在2008年度进行重新认定，导致无法享受过渡期的税收优惠政策，这类企业应该吸取教训，确保在2009年进行重新认定，并确保通过。
（3）有关知识产权的应对策略。知识产权是认定高新技术企业的核心要件，今年北京高新认定小组在评审中认定只要申报企业具有合法申报号的知识产权受理通知书就视为企业具有知识产权，但仍有数量和相关性的要求。
（4）研发项目的策划需体现企业的行业特点和技术的先进性，否则高新评审专家不予认可。
（5）研发制度需要规范、清晰，能真正体现企业的研发水平，才能保证在评审中获取较高的分数。
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