2026年典型案例分析：医疗器械行业涉税风险与合规建议

编者按：

医疗器械行业购销链条较长，涉及生产企业、经销商、医疗机构及第三方服务商等多个主体，涉税风险主要集中于销售收入核算、成本费用扣除及发票管理等环节。2026年以来，随着医疗器械领域涉税专项整治持续推进，相关税收违法行为受到税务机关重点查处。本文以2026年以来公开的医疗器械行业税务执法案例为主要分析样本，梳理医疗器械行业典型涉税违法行为，并提出相应税务合规建议。

一、医药购销领域监管持续强化，医疗器械行业涉税合规要求不断提高

医疗器械行业经营主体众多，购销链条涉及生产企业、经销商、医疗机构及第三方服务商等多个主体。根据《药品监督管理统计年度数据（2025年）》，截至2025年底，全国医疗器械生产企业约3.3万家，经营第二、三类医疗器械的企业约152万家。随着药品耗材集中带量采购常态化推进，以及高值医用耗材、医用设备采购监管持续加强，医疗器械企业需要进一步强化购销业务真实性、资金结算与发票开具之间的一致性管理，税务合规要求相应提高。

从历年政策部署来看，国家对医药购销领域的监管具有持续性、系统性和跨部门协同性。国家卫生健康委、国家税务总局等多部门已连续多年按年度联合印发《纠正医药购销领域和医疗服务中不正之风工作要点》，围绕医药购销秩序、医疗服务行为、医保基金使用、医药产品采购、商业贿赂及涉税违法行为等重点领域，持续部署专项整治和规范治理工作。历年政策内容表明，相关监管已逐步从医疗服务环节延伸至医药产品购销、医疗机构采购、第三方服务及涉税行为等多个领域，形成卫生健康、税务、医保、市场监管、药品监管等多部门协同参与的综合治理格局。其中，对医药购销领域涉税违法行为的监管要求不断细化，监管范围和治理链条持续延伸。

针对医药购销领域的突出问题，2026年5月22日，国家卫生健康委、国家税务总局等14部门联合印发《2026年纠正医药购销领域和医疗服务中不正之风工作要点》（国卫医急函〔2026〕123号），对规范医药购销秩序、整治涉税违法行为等工作作出部署。其中，文件第八部分专门部署整治涉税违法行为，要求“开展联合调查和专项整治，严厉打击医疗器械领域‘篡改套打’、虚开增值税发票、隐匿收入偷逃税款等涉税违法犯罪，对接受虚假开具发票的机构进行追踪，严肃处理违法违规问题。强化发票全链条风险防控，加强医疗器械购销领域信用评价。”此外，文件第五部分提出重点治理借助第三方以科研名义变相实施“带金销售”等行为；第七部分要求加强高值医用耗材、医用设备采购监管，依法打击虚假交易、商业贿赂等违规行为，体现出涉税违法整治与行业购销秩序规范、商业贿赂治理协同推进的监管方向。

从全国层面来看，医疗器械行业涉税专项整治已取得阶段性成效。2026年7月28日，国家税务总局在新闻发布会上披露，针对医疗器械行业变造、虚开发票等问题开展专项整治以来，已立案检查医疗器械经销企业3611户，查补税款59亿元。这一数据反映出税务部门对医疗器械行业发票违法及相关涉税问题的重点关注和持续整治。发布会还在介绍“开票经济”治理工作时指出，在纠治医疗器械经销行业“开票经济”问题时，税务部门会同相关部门以整治发票变造虚开为突破口，推动行业内加力纠治“带金销售”、违规返利、倒卖“三无”医疗器械等风险，进一步强化跨部门协同治理。

在全国专项整治持续推进的背景下，地方层面的涉税风险排查也呈现出沿发票线索延伸、跨部门协同核查的特点。2026年6月22日，国家税务总局官网刊载的贵州税务系统工作文章披露，贵州省税务系统纪检机构主动融入地方整治大局，开展医疗器械行业涉税问题专项整治，重点关注集群注册、空壳走票、低售高开、违规套开等疑点。从医疗器械套开发票线索入手，当地通过“由票查税”查实2家民营医院偷逃税款160余万元；同时，通过“由税查保”，联合地方纪委、市场监管、公安等部门彻查相关企业骗取国家医保基金违法问题，并延伸核查涉案医院高薪人员的个人所得税及任职信息，为地方纪委监委穿透核查隐性腐败问题提供有力支撑。上述实践表明，医疗器械领域涉税风险可能进一步关联医疗机构涉税问题、医保基金违法问题及相关人员个人所得税和任职信息核查，相关监管已呈现出跨部门协同、沿涉税线索延伸的趋势。

二、医疗器械行业涉税违法问题突出，偷税、虚开案例多发

本部分基于2026年以来公开的医疗器械相关税务行政处罚案件，并结合税务机关公开报道及相关税务处理决定，对典型涉税违法行为进行归纳总结。

（一）在账簿上不列、少列收入

1、通过篡改套打、违规作废红冲发票等隐匿销售收入

2026年医疗器械领域涉税专项整治将发票篡改、套打列为重点打击对象。从目前公开的税务行政处罚案件来看，此类行为较为突出，主要表现为企业在向下游医疗机构销售医疗器械后，通过套打方式篡改交付给医疗机构的发票票面信息，使其与税务系统留存的发票信息不一致，进而隐匿实际销售收入。例如，淮税一稽罚〔2026〕37号处罚决定书显示，某医疗器械企业在2019年至2022年期间，向安徽省40家医院销售医疗器械，累计套打1300份增值税普通发票，少申报收入价税合计约5000万元。税务机关通过核查企业对公账户资金流水，发现部分医院实际支付的货款超过套打发票与税务系统开具发票所反映的金额，进而查实企业少申报销售收入的行为。税务机关据此认定企业隐匿收入，造成税款少缴，构成偷税，并按少缴税款的1倍处以罚款，罚款约190万元。

除篡改、套打发票外，部分企业还通过违规作废、红冲已开具发票等的方式隐匿销售收入。例如，吉市税稽罚〔2026〕8号处罚决定书显示，企业将开具给30家下游单位的增值税普通发票作废或红冲，涉及价税合计约3463万元。税务机关进一步核查47家下游受票单位，发现相关发票均已正常入账，货款也已支付，且受票单位未对相应发票作废或红冲。据此，税务机关认定企业通过违规作废、红冲发票隐匿销售收入，造成少缴税款，构成偷税。

2、私户收款，隐匿收入

部分企业通过实际控制人、股东、亲属等个人账户收取销售货款，或者利用关联企业转移经营款项，导致销售收入未纳入企业正常财务核算。例如，扬税稽一罚〔2026〕89号处罚决定书显示，企业实际控制人控制的关联企业向其亲属账户转账约800万元，相关款项随后又转入实际控制人及其配偶账户，而企业未就相关款项开具发票、申报收入。税务机关据此认定企业隐匿收入，造成少缴税款，构成偷税。此外，阳税稽罚〔2023〕5号处罚决定书也涉及通过个人账户收取医疗器械销售款的情形。该案中，企业购进的部分医疗设备由上游供货企业或生产厂家直接发往终端医疗机构，但企业未就相关设备确认销售收入、开具发票并申报纳税。税务机关调查发现，相关设备销售款主要由业务员代收后转入企业相关人员的个人银行账户，部分客户则直接将货款转入上述个人账户。由于企业未能提供相关账簿及资料，税务机关结合设备购进、销售及资金收付情况，核定其隐匿的不含税销售收入约1530万元，并按少缴税款的50%处以罚款。

3、利用缺乏实际经营业务的分支机构拆分销售收入

部分企业通过设立无实际经营业务的分支机构，将原本由总公司经营的销售业务及收入分散申报，以降低总公司申报收入，规避一般纳税人登记要求，违规享受小规模纳税人税收优惠。据中国税务报报道，青岛某医疗器械经营企业通过设立无实际经营业务的分公司，拆分销售收入约1300万元。税务机关核查发现，总公司与分公司从事相同的医疗器械批发业务，核心经营人员交叉任职，购进商品、上游供应商及下游客户高度重合；实地核查还发现，分公司缺乏实际办公场所和固定经营人员，且无法提供独立的货物出入库记录、物流运输单据等经营资料。税务机关据此认定分公司缺乏实际经营业务，将相关销售收入合并计算。企业随后更正申报，补缴相关税费及滞纳金。

（二）在账簿上多列支出

医疗器械企业在临床支持、市场推广及设备调试等环节，可能发生专家指导、手术跟台、人员培训等服务费用。部分企业将相关费用计入管理费用，但未能提供充分资料证明相关服务实际发生，仍在企业所得税税前扣除。例如，通税稽罚〔2026〕96号处罚决定书显示，企业以专家临床指导费、跟台费、消毒费、人员培训费、市场推广费、学术交流费、科室会费、设备调试检测费等名目列支管理费用，记账凭证后仅附费用明细表，以白条形式入账。税务机关认定相关支出不符合税前扣除条件，将多列支出造成少缴企业所得税的行为认定为偷税，并按少缴税款的1倍处以罚款。此外，因调整应纳税所得额后企业不再符合小型微利企业条件，自2025年7月起不得继续享受“六税两费”减半优惠，还需补缴相应税款。通税稽罚〔2026〕92号处罚决定书也涉及类似问题。该案中，企业2024年、2025年分别以白条形式列支管理费用约600万元、3200万元。税务机关查明，企业未能提供证明相关业务真实性的资料，也未取得发票，遂不允许相关支出税前扣除，并将多列支出造成少缴税款的行为认定为偷税，按少缴税款的1倍处以罚款。

（三）虚开发票

1、接受他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票

部分企业在采购医疗器械、医用耗材或接受第三方服务过程中，取得与实际经营业务情况不符的发票，并将其用于账务处理、成本费用列支或增值税进项税额抵扣。例如，青税稽二罚〔2026〕75号处罚决定书显示，某医疗器械企业取得他人为其开具的13份与实际经营业务情况不符的增值税专用发票，价税合计约100万元，并将相关发票认证抵扣进项税额，进而进行虚假纳税申报，造成税款少缴。税务机关认定企业同时存在接受虚开发票和偷税行为，并依据《行政处罚法》第二十九条，按照罚款数额较高的规定，最终处以10万元罚款。

石税稽罚〔2026〕3号处罚决定书也涉及医疗器械购销链条中的接受虚开发票行为。某医院在2019年至2023年期间接受并入账547份套打增值税普通发票，价税合计约4600万元。税务机关通过发票查验平台核查发现，平台显示的实际销售方与医院取得的发票票面销售方不一致，且平台显示的销售方并非医院实际采购项目的中标供应商。据此，税务机关认定相关发票构成虚开，并对医院处以45万元罚款。

2、为他人开具与实际经营业务情况不符的发票

部分企业通过收取开票费、管理费等方式，为其他企业的医疗器械销售业务开具与实际经营业务情况不符的发票；另有部分企业利用缺乏真实经营基础的主体，在没有实际购销业务的情况下集中对外开具发票。例如，通税稽罚〔2026〕44号处罚决定书显示，某医疗器械企业在2019年至2020年期间，按照开票金额的一定比例收取管理费，为他人的医疗器械销售业务开具增值税普通发票。税务机关据此认定其存在为他人开具与实际经营业务情况不符发票的行为，处以罚款并没收违法所得。

赤税稽处〔2026〕23号税务处理决定书则涉及利用缺乏真实经营基础的主体集中对外开具发票的情形。某医疗器械企业成立后短期内对外开具63份增值税电子普通发票，价税合计约590万元，但未取得购进货物或服务类发票，也未进行纳税申报，同时存在登记地址虚假、联系方式无法接通等情况。税务机关据此认定其开具的发票构成虚开，并依法移送公安机关进一步处理。

（四）其他涉税违法行为

除上述违法行为外，医疗器械企业还存在未依法申报缴纳印花税、未履行个人所得税代扣代缴义务以及违反账簿凭证管理规定等问题。例如，吉市税二稽罚〔2026〕9号处罚决定书涉及企业未申报缴纳借款合同印花税，通过虚假纳税申报造成少缴印花税，税务机关认定其构成偷税，按少缴税款的50%处以罚款。该案同时涉及企业发放工资未代扣代缴个人所得税，税务机关按应扣未扣税款的50%处以罚款。

个人所得税方面，长市三税稽罚〔2026〕24号处罚决定书涉及企业在业务推广过程中向外部个人赠送预付卡、美容服务卡及鞋类、服装、美容护肤品等礼品，未依法履行个人所得税扣缴义务。税务机关按照偶然所得项目核定应扣未扣个人所得税约17万元，并对企业应扣未扣税款的50%处以罚款。此外，扬税稽一罚〔2026〕89号处罚决定书在查处企业隐匿收入的同时，还涉及企业账册混乱、未按规定保管账簿及相关资料等问题，税务机关对此另行予以处罚2000元。

三、医疗器械企业税务合规建议

（一）规范购销业务，完善收入核算

医疗器械企业应围绕真实购销业务，规范合同签订、货物交付、资金结算、发票开具及收入确认，确保销售回款及时、完整入账。对于通过个人账户或关联企业账户代收、转付经营款项的情形，企业应准确记录资金流向及对应业务；对于厂家返利、配送返利、样机及废旧耗材处置等特殊业务，企业应根据实际业务性质及时进行账务处理和纳税申报。企业通过分支机构开展经营的，还应明确各主体的业务分工及收入归属，并留存相关经营资料。

（二）规范发票管理，强化费用审核

企业应加强发票开具、取得、作废及红字发票处理等环节的管理，确保发票记载内容与实际交易相符。对于临床跟台、专家指导、人员培训、学术推广、科室会议及设备调试等服务费用，企业应重点核实服务内容及实际履行情况，留存合同、服务记录、成果资料及付款凭证等能够证明业务真实性的资料备查，确保支出真实、合理、相关，符合税前扣除要求。

（三）加强税务风险管理，妥善处置涉税问题

企业应定期开展税务自查，核对账簿、发票、资金流水与纳税申报数据，重点检查收入确认、成本费用扣除、增值税进项税额抵扣，以及印花税、个人所得税等税种的申报缴纳情况。同时，企业应规范账簿设置及财税资料保管，确保业务凭证、账簿记录与纳税申报数据相互印证。企业发现历史涉税问题后，应及时核实相关业务情况，并依法进行处理。税务机关开展检查时，企业应如实提供相关资料，积极配合调查。对于案情复杂、涉税金额较大或存在较大争议的事项，企业应及时寻求专业力量协助，梳理业务事实及相关证据，依法与税务机关沟通，并在必要时行使陈述、申辩等权利，妥善处理涉税争议，维护自身合法权益。