一纸异常复函导致外贸企业陷入补税困境，应当如何破局？

编者按：近期，不少外贸企业因上游企业税务机关复函异常，退税地税务机关作出不予办理出口退税的决定。诸多外贸企业面临类似困境——自身采购、出口全流程合规，合同流、发票流、资金流、货物流完全匹配，仅因上游复函异常，便被不予退税、视同内销征税并加收滞纳金。税务机关做法是否于法有据？本文拟结合实务案例对此进行分析，为外贸企业提供实操应对建议。

一、案例引入

近期，甲外贸企业收到退税地税务机关作出的《税务事项通知书》。甲企业于2026年2月1日向退税地税务机关申请办理出口退税，退税地税务机关向甲企业上游供货企业税务机关函调核查，后收到复函的内容载明，案涉供货业务存在不予退（免）税发票情形，本次调查的增值税专用发票上的货物名称、数量与被调查企业的发货单、出库单及相关国内运输单据等凭证上的相关内容不符（数量属合理损溢的除外）。

据此，税务机关根据《国家税务总局关于发布<出口业务增值税和消费税退（免）税管理办法>的公告》（国家税务总局公告2026年第5号)第五十七条第四项、《财政部 税务总局关于出口业务增值税和消费税政策的公告》（财政部 税务总局公告2026年第11号）第七条第一项规定，对甲企业该笔业务作出不予出口退（免）税的处理。同时，甲企业主管税务所根据退税地税务机关核查结论，将案涉出口业务视同内销征税，要求企业按13%税率更正增值税纳税申报，补缴对应增值税税款及滞纳金。

经了解与核实，案涉货物交易链条为“戊企业——丁企业——丙企业——乙企业——甲企业——外商”，戊生产企业生产货物后逐层对外销售，最终由乙企业销售给甲企业，由甲企业报关出口至境外。退税地税务机关向乙企业主管税务机关发函后，各层级税务机关逐层向上追溯函调，最终函调至终端生产企业戊企业主管税务机关。全链条核查中，仅存在丁企业未向其主管税务机关提供对应运输单据的情形，无任何凭证相互矛盾、货票不符的实质性问题，但该情形被逐级记入复函，最终导致甲企业无法正常办理出口退税，陷入视同内销征税、缴纳滞纳金的困境。结合本案，下文对出口函调三大问题作出分析。

二、出口函调三大问题的法律分析

（一）税务机关能否沿着交易链条无限函调？

从出口退税函调制度出台的历史背景来看，出口退税函调制度的设立初衷，是为了审核疑点出口业务的真实性，通过跨区域函调协作核查上游交易、生产、运输环节，防范骗取出口退税违法行为，并非允许税务机关无限制向上游交易链条追溯发函。

根据《全国税务机关出口退（免）税管理工作规范（2.0版）》（税总发〔2018〕48号）第一百零四条，复函地税务机关应当通过函调系统查阅调查函接收情况，在收到调查函后，按照以下要求开展核查并复函。（一）对供货企业的日常税收征管情况进行分析，并派2名以上税务人员对调查函所列内容进行实地核查。核查后应当制作工作底稿并留存核查资料。……（四）复函地税务机关发现核查的出口货物属于供货企业外购或者委托加工的，且业务真实性存在疑点，复函地税务机关在函调系统填写《关于调查外购或者委托业务有关情况的函》，向其上游企业主管税务机关发函调查，上游企业主管税务机关应当按照规定开展核查，并在函调系统填写《关于调查外购或者委托业务有关情况的复函》进行复函。

从中不难得出两个结论，一是退税地税务机关不能跨越供货企业税务机关直接向上一链条中的税务机关发函，而是应遵循逐层发函、逐层复函的程序；二是复函地税务机关在收到调查函后，应当前往供货企业进行调查，调查完毕后，若案涉业务无真实性疑点，不得随意向上追溯发函。

回归本案，退税地税务机关向乙企业税务机关发函，乙企业税务机关应当对乙企业实地核查，经核查，如出口退税涉及的业务不存在疑点，乙企业税务机关不应再向上游发函，否则属于程序违法。

（二）函调的复函类型有哪些？

根据《全国税务机关出口退（免）税管理工作规范（2.0版）》（税总发〔2018〕48号）规定，出口退税函调复函主要分为四大类型，不同复函结果对应不同退税处理方式，具体来说：

第一类复函类型为“正常业务”。该复函类型代表复函地税务机关经核查，认为外贸企业上游企业交易真实，没有涉税疑点。退税地税务机关综合其他核查情况，可以按照规定办理出口退（免）税。

第二类复函类型为“经核查尚未处理完毕”。复函地税务机关应自收到核实函之日起20个工作日内，按照函调系统中的复函格式，如实、完整、规范地填写有关内容。如因需向上游企业追溯发函、供货企业正处于纳税评估或税务稽查阶段等特殊情况，无法按期复函的，需在20个工作日内向退税地税务机关出具延期说明，明确延期原因及预计复函时间，并需在延期之日起60个工作日内完成核查复函；若60个工作日仍无法核查完毕，需在复函中如实说明情况。

第三类复函类型为“存在不予退（免）税情形”。退税地税务机关对复函所涉及的出口业务，未办理退税的不得办理；已办理退税的，追回已退税款；属于适用增值税征税政策的，应视同内销征税。本案中，退税地税务机关收到的复函类型即为该类复函。

第四类复函类型为“暂缓办理退（免）税”。如果外贸企业上游企业存在涉嫌虚开增值税专用发票、骗取出口退税被税务机关立案未处理完毕的情形，复函地税务机关将选择此种复函类型。退税地税务机关将暂不办理出口退税；对已办理出口退税的，将按照所涉及退税额对外贸企业其他已审核通过的应退税款暂缓办理出口退税，如没有其他应退税款或应退税款小于所涉及退税额的，由外贸企业提供差额担保。在核实排除相应疑点后，退税地税务机关才可办理退税或解除担保。

（三）退税地税务机关能否直接依据异常复函作出不予退税决定？

实践中，除上述四类标准复函类型外，还存在非标准化复函情形，部分复函地税务机关仅文字描述上游业务疑点，例如“无货物运输轨迹”“未提供运输单据”等，但未勾选规范复函类型，此种情况下，笔者认为，退税地税务机关不能直接依据复函作出不予退税决定，还应当进行核查，向上游企业税务机关重新发函，要求对描述业务疑点进行核实。

本案中，退税地税务机关收到的复函类型为“存在不予退（免）税情形”，退税地税务机关据此对甲企业涉及的出口退税业务，作出不予办理退税的决定，并由主管税务所追缴税款并加收滞纳金。

三、本案应当如何破局？

第一，主张税务机关适用法律不当。本案全链条业务真实、四流一致，仅上游丁企业未向税务机关提供对应运输单据，其余所有交易凭证、备案资料均完整匹配、相互印证。根据国家税务总局2026年第5号公告第五十七条第（四）项规定，不予退税的要件是增值税专用发票与发货单、出库单、运输单据等凭证记载内容相互不符，而本案中，丁企业未提供运输单据，属于材料缺失，显然不构成“不符”情形。

第二，指出复函流程程序违法。如前述，复函地税务机关收到调查函后，应当先行实地核查，实地核查后，业务不存在问题的，应当依法作出“正常业务”的复函。但实务中，存在部分复函地税务机关出于审慎执法的考量，在实地核查未发现疑点的情形下，仍向上游企业主管税务机关继续发函，导致外贸企业长期无法退税，甚至视同内销征税，企业遭受严重经济损失。

第三，依法提起法律救济。本案中，甲企业可以就退税地税务机关作出的不予出口退税《税务事项通知书》提起法律救济。该文书仅作出不予退税决定，并未直接作出征税处理，可直接向上一级税务机关申请行政复议。而主管税务所作出的补缴增值税、加收滞纳金的决定，需满足清税前置条件，甲企业需要先行缴纳税款或者提供相应担保，才可就该征税行为申请行政复议。两项行政行为虽然存在事实依存关系，但属于相互独立的行政行为，需要分别启动救济程序。