合伙企业注销清算所得28亿违规核定征收，税局追缴自然人个税逾3亿元

编者按：近期税务机关查处某合伙企业违规核定征收案件，该案中涉案自然人合伙人被税务机关认定需补缴个税3.33亿元并承担相应滞纳金。结合该案，本文分析了持股平台股票非交易过户的税务处理、经营期内核定征收资格是否适用于注销清算环节，以及在“先分后税”模式下本案自然人合伙人的滞纳金是否应当征收等问题，以期为相关实务提供参考。

稽查局经调查认定，税务机关核准的核定征收方式，其适用范围仅限于企业正常生产经营期内取得的生产经营所得，注销清算所得不适用核定征收。河南甲合伙企业在计算2021年应税所得时，将约28.82亿元的注销清算所得一并纳入核定征收范围，属于违规适用核定征收，依法存在少缴个人所得税的违法事实。在税款核算上，稽查局将两类所得分别处理后合并计算：大宗交易减持所得约2.26亿元，按13%应税所得率确认应税所得约2933.68万元；注销清算所得确认为约28.82亿元，不得适用核定征收，须据实计入应税所得。两项合计应税所得约29.12亿元。按李某某36.99%的投资比例，归属其个人的应税所得约10.77亿元，应缴个人所得税约3.77亿元；扣除已申报缴纳的约4400万元，少缴个人所得税约3.33亿元。据此，稽查局责令李某某于收到决定书之日起15日内补缴上述税款，并自滞纳税款之日起按日万分之五加收滞纳金。

本案揭示了合伙型持股架构下通过变更经营范围申请核定征收、叠加跨省迁移、借助股票非交易过户方式拆除持股平台所蕴藏的涉税风险，核心争议在于注销清算所得能否适用核定征收，以及相应滞纳金能否依法加收。下文将结合现行税法规定及相关政策进行分析。

根据《证券非交易过户业务实施细则（适用于继承、捐赠等情形）》第三条，证券非交易过户包括继承、符合条件的捐赠、依法进行的离婚财产分割、法人资格丧失、私募资产管理等所涉证券过户，以及中国证监会认定的其他情形。上述情形虽不涉及受让方向转让方支付货币或其他经济利益作为对价，但在税法视域下，仍应作“视同销售”处理。从证券登记层面看，合伙企业注销清算后将持有的上市公司股票直接过户至合伙人名下，系非交易过户。尽管这不涉及买卖行为，但股票非交易过户使得股票所有权属在不同主体之间发生了实质性变更，依法应当视同销售。本案中28.82亿元注销清算所得的确认，正是基于这一税法逻辑。

（二）不同持股架构在清算注销环节的税务处理

在分析核心争议之前，有必要先比较公司型与合伙型两种持股架构在注销清算环节的税务处理。公司型持股平台在清算注销时面临双层税负。在企业层面，须就清算所得缴纳25%的企业所得税。在股东层面，根据《关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕60号）第五条的规定，股东分得的剩余资产须按可变现价值或实际交易价格确定计税基础，其中相当于被清算企业累计未分配利润和盈余公积按股份比例计算的部分，确认为股息所得，全额适用20%税率；剩余资产扣除股息所得后，超过或低于股东投资成本的差额，确认为投资转让所得或损失，亦适用20%税率。此外，企业将股票分配给股东，还须就此缴纳增值税（税率6%）及证券交易印花税（1‰）。

合伙型持股平台则采用“先分后税”原则，合伙企业本身不缴纳所得税，由各合伙人就应分配的所得份额直接缴纳个人所得税。根据《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税[2000]91号）第十六条的规定，企业的清算所得应当视为年度生产经营所得，由投资者依法缴纳个人所得税，也即应适用5%至35%的五级超额累进税率。就增值税与印花税的处理规则，与公司型持股平台相同。

由此可见，合伙型持股平台在注销清算环节虽免于企业所得税，但其自然人合伙人须就清算所得适用最高达35%的边际税率缴纳个人所得税。对于持有大量上市公司股权的合伙型持股平台而言，注销清算收益动辄数亿乃至数十亿元，税负极为沉重。这也正是其谋求核定征收的内在动因，试图以较低的应税所得率核定应税所得，从而大幅压缩综合税负。

此外，关于合伙企业注销清算所得的税目认定，实践中存在两种观点。一种观点认为，应适用“经营所得”税目，依据正是财税〔2000〕91号第十六条关于清算所得视为年度生产经营所得的规定。另一种观点认为，应适用“财产转让所得”税目，依据为《关于个人终止投资经营收回款项征收个人所得税问题的公告》（国家税务总局公告2011年第41号）的规定。笔者认为，后者虽系新法，但财税〔2000〕91号系专门针对合伙企业解散情形所作的特别规定，依特别法优于一般法的原则，应优先适用，实践中税务机关的主流处理方式亦与此相符。

（三）经营期间的核定征收资格能否延伸至清算期间

本案的核心争议在于，河南甲合伙企业在经营期间以账务不健全为由取得的13%应税所得率核定征收资格，能否直接延伸至注销清算期间，从而覆盖28.82亿元的清算所得。

核定征收制度的设立初衷，在于解决纳税人账务不健全、成本费用无法正常核算的征管难题。而清算所得的计算方式，在财税〔2000〕91号第十六条中已有明确规定，“清算所得，是指企业清算时的全部资产或财产的公允价值，扣除各项清算费用、损失、负债及以前年度留存利润后，超过实缴资本的部分。”就本案而言，涉案股票为上市公司股票，具备明确的市场价格可供参照，按非交易过户上一交易日收盘价即可确定转让价格，购入成本亦有相应凭证可查。由此可见，清算所得完全能够据实核算，账务不健全、无法核算等适用核定征收的前提条件难以成立。

即便抛开上述前提条件不论，经营期间取得的核定征收资格，在法律上也不能当然延伸至清算期间。虽然财税〔2000〕91号及现行税法对合伙企业清算期间的纳税申报规则，尚未像企业所得税那样作出明确的“两期划分”规定，但从企业所得税的制度逻辑参照来看，根据《企业所得税法》第五十三条、第五十五条及国税函〔2009〕684号第一条的规定，企业在一个纳税年度中间终止经营的，以开始清算之日为界，法律上拟制出“经营当期”与“清算期间”两个相互独立的纳税期，企业须就两期分别申报缴纳所得税，清算期间须单独作为一个纳税年度进行清算所得申报。税务机关就经营当期所出具的征收方式认定文件，其效力并不当然及于清算期间，清算期间的征收方式须另行确定。

基于上述分析，税务机关的处理思路是清晰的，大宗交易减持所得约2256.68万元，属经营期间所得，彼时核定征收资格尚在有效期内，且该资格系经税务机关审核批准的具体行政行为，纳税人对此形成了合理的信赖利益，稽查局认可其适用核定征收，体现了对既定行政行为的尊重；而约28.82亿元的注销清算所得，发生于清算期间，既不满足核定征收的前提条件，也不在经营期间核定征收资格的效力范围之内，一并纳入核定征收框架申报则构成违规适用核定征收。

回答这一问题，须先回到合伙企业“先分后税”的申报机制本身。根据财税〔2000〕91号第二十条第一款，“投资者从合伙企业取得的生产经营所得，由合伙企业向企业实际经营管理所在地主管税务机关申报缴纳投资者应纳的个人所得税，并将申报表抄送投资者。”这一制度安排意味着，合伙人虽是纳税义务人，其个人所得税却并非由本人直接向税务机关申报，而是通过合伙企业这一中介机制加以实现。税款的少缴，源于合伙企业层面申报方式的认定错误，而非合伙人个人直接申报行为的结果。合伙企业代为申报缴纳合伙人个税的制度安排，与扣缴义务人代扣代缴的法律关系存在一定的相似性。纳税义务本属于合伙人，申报缴纳义务则通过合伙企业这一纳税义务的协力人完成。

在上述认识基础上，《国家税务总局关于行政机关应扣未扣个人所得税问题的批复》（国税函〔2004〕1199号）的相关规定具有重要的参照价值。该文第三条明确，“按照《征管法》规定的原则，扣缴义务人应扣未扣税款，无论适用修订前还是修订后的《征管法》，均不得向纳税人或扣缴义务人加收滞纳金。”这意味着，不仅处于被动地位的纳税人不被加收滞纳金，连作为申报主体的扣缴义务人本身，同样不被加收滞纳金。以此精神观照本案，合伙人个人所得税通过合伙企业代申报机制实现，税款少缴发生在合伙企业申报层面，而非合伙人个人直接申报，则原则上不应向自然人合伙人加收滞纳金。尤其若是对于有限合伙人（LP）而言，其依法不参与合伙事务的执行，完全不参与纳税申报，对申报内容既无知情也无控制，国税函〔2004〕1199号文精神的适用更为直接充分。

2025年3月，《税收征收管理法（修订征求意见稿）》公开征求意见，其中第四十一条将“滞纳金”调整为“迟纳金”，意图绕开《行政强制法》第四十五条关于滞纳金不得超过本金的限制性规定。然而，日万分之五的利率标准并未随之调整，实质上的惩罚性特征依旧，不加收滞纳金的适用情形亦未进一步扩充，立法层面的回应仍显不足。从完善制度的角度看，此次修订理应正视本案所揭示的问题，对于国税函〔2004〕1199号第三条所明确的不加收滞纳金的情形，以及参照此类情形不加收滞纳金的情形，应当补充规定到税收征管法之中，以避免制度的惩罚性效果被不当扩张适用。

此外，还需提醒企业注意的是，注销清算所得不适用核定征收，税务机关有权向合伙企业的自然人合伙人追缴相应税款，注销并不等于“了结”。对于拟退出市场、办理注销登记的企业，应当全面梳理是否存在历史欠税，重点关注清算所得的纳税义务，尤其是非交易过户等特殊情形下的税法本质，避免不当扩大税务风险。在面临税务检查时，企业及个人应审慎评估自身责任风险，全面收集证据材料，积极配合税务机关调查取证，同时依法依规进行申辩抗辩，并积极寻求税务律师的专业支持与法律救济。