合伙企业适用核定征收已完税，税局能否依据新规追溯调整？

2021年3月，A有限合伙企业以“成本费用凭证无法取得，不能准确核算成本费用”为由向主管税务机关申请核定经营所得个人所得税。2021年3月24日，自然人甲、乙与A有限合伙企业签订《股权转让协议》，甲、乙将其持有的B有限责任公司15%的股份转让给A有限合伙企业，转让金合计347万元。2021年3月30日，A有限合伙企业与C公司签订《股权转让协议》，将其持有的B公司15%的股权全部转让给C公司，转让价款4538.76万元，并于当日完成股权变更登记。2021年4月，A有限合伙企业收到全部股权转让款。随后，A有限合伙企业办理简易注销。

2023年7月，税局向A有限合伙企业下达《税务处理决定书》，载明A有限合伙企业转让股权所产生的经营所得应按比例分配后，由个人所得税纳税义务人甲、乙申报缴纳。因A有限合伙企业已于2021年4月注销，依照规定，合伙人甲、乙应当在停止生产经营之日起60日内，向主管税务机关办理当期个人所得税汇算清缴。故就A有限合伙企业转让股权取得经营所得，按合伙协议约定分配比例向合伙人分配后，甲、乙应依法补缴个人所得税及相应滞纳金。

（二）案例简析

本案是一起典型的利用合伙企业核定征收政策进行税收筹划的案例。自然人甲、乙先将股权低价转让至A有限合伙企业，再由A有限合伙企业转让至C有限责任公司，其中，A有限合伙企业利用核定征收政策降低经营所得实际税负。本案未披露具体的核定征收率，过往实践中存在10%应税所得率的情况，相较于自然人股东直接进行股权转让，税负大大降低。在《关于权益性投资经营所得个人所得税征收管理的公告》（财政部 税务总局公告2021年第41号，以下简称“41号文”）出台后，权益性投资合伙企业一律适用查账征收方式计征个人所得税。41号文自2022年1月1日起施行，前述案例中的核定征收发生于41号文生效之前，税务机关仍进行追溯调整，要求自然人合伙人补缴个人所得税。对于41号文之前的合伙企业适用核定征收的行为，税务机关是否有权追溯调整？下文将进一步解析。

41号文：权益性投资合伙企业一律适用查账征收方式计征个税

（一）合伙企业核定征收政策是企业股权架构安排的重要税收考虑因素

自然人合伙人通过合伙企业间接持有公司的股份是一种常见的股权架构安排。一方面，考虑到控制直接股东人数、保障创始人控制权等问题，企业在实施股权激励计划时会考虑以有限合伙企业的方式搭建员工持股平台，被激励的员工通过获取合伙企业份额的方式间接持有公司股权。另一方面，为吸引股权投资类企业落地，部分地方政府或园区将核定征收作为一项“税收优惠政策”，相较于自然人合伙人直接转让股权，核定征收方式下自然人合伙人通过合伙企业转让股权更具税收优势。

（二）核定征收政策能够缓解合伙份额转让重复征税问题

合伙份额转让所带来的重复征税问题在实践中一直被诟病，而核定征收能够在一定程度上缓解重复征税带来的高税负问题。本文以一则小案例说明合伙份额转让中的重复征税问题。

自然人甲和乙分别出资100万元设立了A合伙企业，主要从事股权投资业务。A合伙企业通过转让股权取得32万元的利润，约定按出资比例分配利润，但没有实际分配，而是用于再投资。则甲的纳税义务如下：

（1）在取得利润当期，根据《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税〔2000〕91号）规定，合伙企业股权转让所得应作为投资者个人的生产经营所得申报缴纳个人所得税。即合伙企业转让所持的股权，自然人合伙人应当按经营所得五级超额累进税率缴纳个人所得税。则甲应当申报缴纳个人所得税：应纳税额=（320,000/2-60,000）*20%-10,500=9,500元

（2）其后，甲向丙转让其持有的全部合伙份额，按照《个人所得税法实施条例》的规定，自然人合伙人转让合伙份额应按照财产转让所得缴纳个人所得税。假设转让价格为150万元，则甲应当缴纳个人所得税：应纳税额=（1,500,000-1,000,000）*20%=100,000元

通过上述计算可以发现，对于甲按约定应当分配的利润16万元，作为经营所得缴纳了9,500元的个人所得税，同时这部分利润增加了合伙份额的价值，在合伙份额转让时，又作为财产转让所得又缴纳了3.2万元的个人所得税，存在重复征税的问题。

核定征收能够在一定程度上降低合伙份额转让重复征税问题所带来的高税负，但无法从根本上解决问题。此外，《税收征收管理法》第三十五条也明确了税务机关有权核定应纳税额的情形，包括依规定可以不设置帐簿、应当设置帐簿但未设置、擅自销毁帐簿或者拒不提供纳税资料、虽设置帐簿，但帐目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以查帐等情形。41号文规定，“持有股权、股票、合伙企业财产份额等权益性投资的个人独资企业、合伙企业，一律适用查账征收方式计征个人所得税”，明确禁止了权益性投资合伙企业采用核定征收的征管方式。在该政策实施之后，权益性投资合伙企业股权转让所得税率最高可达35%，相较于个人直接持股丧失税收优势。

权益性投资合伙企业核定改查账，能否追溯调整以前年度？

前已述及，部分园区将核定征收作为一项“税收优惠”吸引股权投资合伙企业在当地落户。近年来各地清理税收洼地、打击逃避税的监管力度不断加强，41号文的出台明确禁止了权益性投资合伙企业核定征收的征管方式。对于在41号文出台前适用核定征收的合伙企业，税务机关是否有权追溯调整，要求自然人合伙人补缴个人所得税？

（一）未提供虚假资料骗取核定政策的，不构成偷税，应受追征期限制

《税收征收管理法》第六十三条规定，偷税是指纳税人存在伪造、变造、隐匿、擅自销毁帐簿、记帐凭证，或者在帐簿上多列支出或者不列、少列收入，或者经税务机关通知申报而拒不申报或者进行虚假的纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的行为。对于偷税的行为，税务机关可以无限期追征税款。对于未提供虚假资料骗取核定征收政策的，不应构成偷税，税务机关的追征行为应受追征期限制。

《税收征收管理法》明确规定了适用核定征收的情形，不论是园区给予的核定征收政策，或是企业根据自身账簿设置等情况申请核定征收，税务机关都应当实质审核是否符合核定征收要求。税务机关未尽审核义务造成的未缴或少缴税款，属于税务机关的过错，应当适用三年的追征期。

（二）税务机关推翻纳税人以前年度的核定征收有违信赖利益保护原则

查账征税为税收征管的一般方式，核定征收为特殊的方式，能否适用核定征收需经税务机关审核批准。税务机关的具体行政行为一经作出，即具有公定力、存续力、拘束力以及执行力。依据信赖利益保护原则，行政相对人基于对行政机关的信赖而取得利益应受保护，不能被随意剥夺。行政机关对自己的行为或承诺应诚实守信，不得随意变更。纳税人基于申请，在无伪造资料、骗取核定征收政策的情况下，税务机关不应追溯调整41号文颁布前已适用核定征收的账务处理。

另一方面，纳税人在适用地方性或园区财税政策前，除了比较税负上的优劣外，还应综合考量此类财税优惠政策的设定依据是否符合规定、是否与政府签署正式投资协议、过往政策是否稳定等。在任冬梅与湖北省襄阳市人民政府行政允诺争议一案中，襄阳市人民政府在会议纪要中承诺“在当地减持限售股并缴纳税款，个人投资者的奖励标准为按实际缴纳个人所得税的39.5%给予奖励”，最高法审理认为，襄阳市政府允诺的奖励事实上变相减少了纳税人的应纳税款，减轻了纳税人的纳税义务，违背了《关于个人转让上市公司限售股所得征收个人所得税有关问题的通知》（财税〔2009〕167号）规定的税率及征税目的。襄阳市政府作出的行政允诺违反了《税收征收管理法》第三条第二款关于“任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定”的规定，超出了自身法定权限范围，二审法院认定该行为不合法，并无不当。因此，纳税人在适用地方性财税政策之前，应当充分审查该政策是否与上位法相抵触，是否具有可行性，降低后续被调整补税的风险。